8月上旬，中央红军恢复红一方面军番号，随即与红四方面军混编成左､右两路共同北上。
红三十二军与由原红五军团改编的红五军被编入左路军，随红四方面军主力一起行动。
8月下旬，中共中央､中革军委率由红一方面军主力和红四方面军一部组成的右路军走出草地，到达班佑地区。
红四方面军一部也走出草地到达阿坝地区。
此后，张国焘按兵不动，拒不执行中共中央确定的北上方针，并企图分裂中央及红军。
被编在左路军的红三十二军此时仍滞留在松岗､孟沽､卓克基一线，作为左路军的后卫。
对于张国焘的分裂行动，红三十二军并不了解，但中共中央确定的北上方针他们却是清楚的。
因此，在左路军大部分部队走出草地到达阿坝地区后，红三十二军也要求北上。
不过由于其电台密码已被张国焘收缴，译电员也全被换掉，与中革军委无法取得联系，红三十二军只得向左路军有关方面请示。
结果被告知，仍需在原地筹粮､整训､做群众工作，待命北上。
然而，红三十二军一直未等到北上的命令。
9月中旬，张国焘强行命令左路军先头部队红五､红九､红三十一军各一部，右路军之红四､红三十军等分别从阿坝､包座地区南下，向大金川江流域的马塘､松岗､党坝一带集结。
随后，张国焘令红四方面军全部南下川康边，准备在那里建立根据地。
红三十二军与红五军亦被裹挟南下。
何长工对此事作过这样的回忆:“因为我们电台已调换，隔绝了与中央的直接联系，在处境困难之际，我们再三考虑，我们军团(指原红九军团)不能在大分裂后再来个小分裂，出于无奈，被迫只好违反中央北上抗日的正确方针，饮恨随张国焘南下，向天全､芦山､名山一带进军。”
张国焘为执行其错误的南下方针，于10月先后令红军南下部队发起绥(靖)崇(化)丹(巴)懋(功)战役和天(全)芦(山)名(山)雅(安)邛(崃)大(邑)战役。
红三十二军参加了这两次作战，并在红四军一部的配合下于11月下旬相继攻占了荥经､汉源，歼灭国民党军一部。
12月初，国民党军由东面的洪雅地区向荥经进攻，红三十二军与红四军在予敌以重大杀伤后，于12月中旬退出荥经､汉源地区。
在此之前，红四方面军在名山东北百丈地区因遭到国民党军优势兵力的反扑而受到重大损失，被迫退守天全､芦山一带。
1936年2月上旬，国民党军开始向天全､芦山大举进攻。
红军南下部队编为三个纵队，自2月中旬起陆续撤离天全､芦山地区，向康定､道孚､炉霍一带转移。
红三十二军被编入右纵队，随红四方面军一起转移。
在翻过夹金山后，红三十二军于3月进至懋功以南地区，掩护红四方面军主力继续向西转移。
在完成任务后，红三十二军进至西康省的道孚､炉霍一带，并在此进行了短期休整。
4月，红四方面军对部队进行了整编，红三十二军被纳入其编制。
张国焘原准备趁此机会解散红三十二军，何长工为了保存这支部队，亲自找红四方面军政治部主任周纯全等人做工作，这样红三十二军才得以保留下来。
整编后的红三十二军军长为罗炳辉，政治委员为李干辉，政治部主任为幸世修，下辖第九十四､第九十六师。
当时，由湘鄂川黔苏区长征的红二､红六军团正在任弼时､贺龙､关向应等领导下转战于滇西北地区。
为迎接红二､红六军团，实现两支部队的会师，红三十二军奉命由道孚南下，以策应红二､红六军团的行动。