在华夏特别军事法庭有的庭审上，被告人的辩护律师有的向法庭提及被告的教育背景和犯罪的社会根源，有的提出部分指控的罪行是由被告人的前任指挥官所实施的，有的请求法庭注意被告人的个人情况等。
比如，一名被告人在犯罪时已离职，有的指出被告身为低级军官并未参与政策制定故而不应当对指控的罪行负主要责任。
一部分为被告人辩护的律师进一步的提出，尽管被告人是日军的高级军官，但是一些重要的军事行动必须经过上级长官的授命才能实施，所以，被告人的辩护律师建议法庭应当区分被告和其上级长官的刑事责任以减轻被告人的罪责，大多数的辩护律师都强调被告人有悔罪表现并且请求法庭从轻处罚。
在一些特别的情形下，被告人的辩护律师还向法庭提出一些特殊问题来保护被告的权利和利益，比如，在对武部六藏的审判中，被告人因严重的疾病无法出庭，法庭因此同意辩护律师的请求，允许在被告接受治疗的医院开庭。
华夏特别军事法庭委派审判员杨显之前往审判，随同前往的还有书记员娄玉，国家公诉人曹振辉、被告辩护律师关梦觉、赵敬文也参与了此次讯问，这些对被告人利益的保护措施也都体现着对被告人的人道待遇。
许多国际人权条约和公约都明确规定被告人有公开审判权，所以，华夏特别军事法庭在沈阳和太原审判中的日本战犯都是公开审判的，到庭旁听的有各民主党派和人民团体的代表、工厂、学校和机关的代表以及军队代表共百余人。
新闻记者也都观察和报道了华夏特别军事法庭在沈阳和太原这两地的审判，这一程序充分的让华夏特别军事法庭的审判受到了人民的监督，保证了华夏特别军事法庭的审判透明、公正。
在对日本战犯的量刑上，从一九五五年的侦查工作结束后，最高人民检察院检察长便会同有关政府部门对日本战犯的量刑问题进行了初步研究，其中，东北工作团建议由七十名被关押的日本战犯为罪大恶极的战争罪行负最主要的责任，应当判处死刑。
但是在一九五五年十二月的一次会议上，政治局常务委员会明确表示对日本战犯采取从宽处理政策，即“不判处一个死刑，也不判处一个无期徒刑，判有期徒刑的也要极少数”。
不过，各民主党派，工商联和无党派人士代表对此政策都提出了异议，因为他们觉得这个政策难以平息民愤。
至于采取从宽量刑的政策是有两个原因，首先，这些日本战犯已经被监禁了十年之久，对于其中大多数人所犯的罪行来说这都足以用来替代量刑，更长期的监禁仅需要在一小批犯极严重罪行的犯罪分子中适用。